Casado en primeras nupcias con Ana María Vidal Elhordoy, tuvieron tres hijos: Jorge Washington, Aparicio y Juan Francisco.

En 2004 se realizaron elecciones internas; varios dirigentes blancos coaligados acordaron finalmente llevar como precandidato a la Presidencia de la República a Larrañaga, para hacerle frente al hasta entonces imbatible Luis Alberto Lacalle.

Varios analistas políticos señalaron lo acertada de la candidatura de Larrañaga en tanto revitalizadora de las chances electorales del Partido Nacional (el cual había sufrido una humillante derrota en las elecciones anteriores, quedando tercero); por otra parte, es evidente que varios votantes colorados decidieron acompañar la candidatura de Larrañaga, ocasionándole a su vez un revés mucho más duro al Partido Colorado (por su parte, desgastado por el ejercicio del poder y la crisis económica), que apenas alcanzó el 10% de la votación por primera vez en toda su historia.

Durante el gobierno del Frente Amplio, mantuvo un estilo frontal de oposición, aunque concediendo espacios para el diálogo; en particular, se destaca la visita que le hizo José Mujica en agosto de 2008.

[10]​ Larrañaga mencionó como sus principales asesores económicos a Sergio Abreu y Javier de Haedo.

[11]​ Si bien su precandidatura salió segunda en las elecciones internas del Partido Nacional, el precandidato vencedor Luis Alberto Lacalle le ofreció postularse a la vicepresidencia, lo cual fue aceptado por Larrañaga.

[12]​ Durante la campaña apeló a captar el centro del espectro político.

[15]​ En enero de 2012 renunció a su sillón en el Directorio del Partido Nacional.

[18]​ Estuvo trabajando en su candidatura, por un "nacionalismo sin ataduras"[19]​ y "convocando a la rebeldía".

[21]​ Finalmente no pudo ser: su joven adversario Luis Alberto Lacalle Pou resultó ungido candidato único por el partido para las elecciones de octubre de 2014; finalmente Larrañaga aceptó acompañarlo en la fórmula.

[27]​ Posteriormente, frente a la sede del Partido Nacional en la Plaza Matriz, el cardenal Daniel Sturla le dedicó unas palabras y dirigió el rezo del Padrenuestro.

[28]​ En la tarde del domingo partió una caravana con sus restos mortales rumbo a su ciudad natal.

[29]​ Antes del sepelio en el Cementerio de Paysandú, el presidente Luis Lacalle Pou realizó una alocución sobre Larrañaga, su obra y legado;[30]​ después, su hijo mayor despidió emotivamente a su padre.