Al egresar se desempeñó como profesor.

Realizó estudios en la Escuela de Inteligencia del Ejército y en el United States Army Caribbean School de Panamá.

A finales de 1968, fue nombrado ministro de Fomento y Obras Públicas, ministerio que fue desactivado pocos meses después.

Con el golpe de Estado de Francisco Morales Bermúdez, Fernández-Maldonado fue nombrado como jefe del Estado Mayor del Ejército.

Fundador del Partido Socialista Revolucionario, fue senador de la república de 1985 a 1990 por la alianza Izquierda Unida.