En 1995, toma la dirección del Ensemble Intercontemporain en París, que dirige hasta el 2000, antes de quedar como principal director invitado.

Nott explica así su relación con esa orquesta alemana: «Con ellos crecí dirigiendo más de seiscientos conciertos desde el año 2000.

[2]​ El repertorio desplegado por Jonathan Nott en Bamberg va desde los clásicos vieneses a las obras maestras del siglo XIX y la modernidad clásica hasta la música contemporánea.

En los años siguientes la obra de Gustav Mahler se ha convertido en el foco de sus programas y conciertos, en Bamberg, así como actuando como invitado con orquestas internacionales interpretando las sinfonías y canciones orquestales.

También ha presentado en concierto grandes óperas, incluyendo Fidelio de Beethoven y de Richard Wagner Tristán e Isolda, El oro del Rin, La valquiria y Sigfrid.

La formación en música vocal de Nott le hace tener predilección por dos compositores sinfónicos que destacan en esa faceta: Schubert y Mahler.

Nott dice de su relación con el compositor: “A Mahler también llegué a través del canto, pues su música está muy relacionada con la vocalidad como sucede también con Schubert.

Nott busca mostrar el lado tumultuoso y arisco del compositor que es el que lo muestra en su verdadera esencia y dice al respecto: «La Quinta sinfonía de Beethoven debe ser una experiencia impactante para el público, de lo contrario estaremos haciendo algo mal».