Stuart fue enviado a Fort Chipewyan (Alta), y posteriormente sirvió en varios cargos en el departamento de Athabasca.
Ese otoño Fraser y Stuart establecieron la Rocky Mountain House (Alta) y al año siguiente lo que se llamaría Fort St.
Sobre la base de su informe, Fraser construyó un puesto en ese lago en 1806.
Volvieron río arriba, llegando a Fort George, el 6 de agosto.
Stuart había demostrado ser un teniente valioso: tenía buen criterio para la navegación fluvial, mantenía el registro oficial, tomaba observaciones del meridiano, y era receloso de los suspicaces indios, algunos de los cuales nunca antes habían visto hombres blancos.
Según el padre Adrien-Gabriel Morice, historiador y misionero del norte de Columbia Británica, Stuart «parece haber sido uno de esos hombres bien intencionados que, inconscientes de su propia idiosincrasia, hacen que la vida sea una carga para los demás».
En 1827 John Stuart tomó otra esposa del país, Mary Taylor, nacida en 1796.
Ella se unió a él en Escocia en 1836, pero dado que incumplió su promesa de casarse formalmente, regresó a la Tierra de Rupert en 1838.