[2]​Es posible que estuviera influido por los trabajos de su tío Parick O'Donovan.

John trabajó para el anticuario James Hardiman investigando documentos estatales y fuentes tradicionales en la Oficina de Registros Públicos.

Hardiman aseguró a O'Donovan una plaza en Maynooth College, que rechazó.

Su trabajo sobre lingüística fue reconocido en 1848 por la Real Academia Irlandesa con la Medalla Cunningham.

Estuvo casado con Mary Anne Broughton, cuñada de Eugene O'Curry y fue padre de nueve hijos (todos menos uno murieron sin descendencia).