Originalmente destinado al sacerdocio, comenzó pronto sus estudios de teología.
Sin embargo, a través de las escrituras de Spinoza y Oken, se vio fuertemente atraído hacia actividades filosóficas.
Con Döllinger y otros atrajo una gran cantidad de atención pública en 1869 por el desafío a los promotores del Ultramontanismo del Concilio Vaticano I en el tratado Der Papst and das Koncil, que apareció bajo el seudónimo de Janus.
También en 1870 por una serie de cartas (Romische Briefe, una redacción de informes secretos enviados desde Roma durante la sesión del consejo), que fueron publicados con el seudónimo de Quirinus en el Allgemeine Zeitung.
Huber también publicó críticas adversas de Charles Darwin, David Strauss, Hartmann y Hackel, panfletos en el Des Papsttum und der Staat (1870) y Die Freiheiten der französischen Kirche (1871) y un volumen del Kleine Schriften (1871).