Jobabo es nombrada así de la palabra en taíno jobabol, que significa "un lugar donde crecen muchos árboles de jobo".

A comienzos del siglo XVI, tiempo en que arribaron los españoles para colonizar, había asentamientos aborígenes en las orillas del río Jobabo, en un lugar conocido como Caobilla, en el cual se les obligó eventualmente a lavar oro.

En el año 1533 se produjo ahí mismo la primera sublevación de esclavos en Cuba,[7]​ que fue reprimida.

Existieron otros establecimientos de personas ubicados en Zabalo y Virama.

Entre 1868 y 1902, el territorio perteneció al Departamento Provincial Oriental y entre 1902 y 1974, en un periodo de la historia territorial de Cuba en el que se dividió el país en seis provincias, integró a la antigua provincia Oriente.