En 1991 se permitieron los partidos de oposición, y Vieira ganó una elección presidencial multipartidista en 1994.

Regresó a la política en 2005, ganando las elecciones presidenciales de ese año.

La constitución fue suspendida y fue instalado un consejo militar de nueve miembros (presidido por el mismo Vieira).

Los recortes presupuestarios se hicieron a costa del sector social y de la educación.

En 1994 fueron celebradas las elecciones presidenciales, en las que Viera recibió el 46,20% de los votos contra otros siete candidatos.

Buscó refugio en la embajada portuguesa y luego se exilió en Portugal.

Aunque los partidarios de Vieira habían recogido 30.000 firmas para una petición que lo instaba a postularse para la presidencia, no confirmó de inmediato su intención de hacerlo, diciendo que regresaría "para restablecer sus derechos cívicos y registrarse para votar en el próximas elecciones "y que quería contribuir a la paz y la estabilidad.

Aunque muchos consideraron que Vieira no era elegible porque había estado viviendo en el exilio y debido a los cargos legales en su contra relacionados con los asesinatos en 1985 de presuntos golpistas, la Corte Suprema lo autorizó para presentarse a las elecciones en mayo de 2005 junto con Yalá.

Su antiguo partido, el PAIGC, respaldó al expresidente interino Malam Bacai Sanhá como su candidato.

Según este relato, Vieira sobrevivió a una explosión y al colapso del techo de la villa presidencial y luego recibió un disparo cuando salió herido, de los escombros del palacio presidencial; sin embargo, permaneció vivo hasta que lo mataron a golpes de machete y disparos.