La constitución fue suspendida y fue instalado un consejo militar de nueve miembros (presidido por el mismo Vieira).Los recortes presupuestarios se hicieron a costa del sector social y de la educación.En 1994 fueron celebradas las elecciones presidenciales, en las que Viera recibió el 46,20% de los votos contra otros siete candidatos.Vieira quedó primero, pero no logró la cantidad mínima para poder ganar las elecciones.Aunque los partidarios de Vieira habían recogido 30.000 firmas para una petición que lo instaba a postularse para la presidencia, no confirmó de inmediato su intención de hacerlo, diciendo que regresaría "para restablecer sus derechos cívicos y registrarse para votar en el próximas elecciones "y que quería contribuir a la paz y la estabilidad.Aunque muchos consideraron que Vieira no era elegible porque había estado viviendo en el exilio y debido a los cargos legales en su contra relacionados con los asesinatos en 1985 de presuntos golpistas, la Corte Suprema lo autorizó para presentarse a las elecciones en mayo de 2005 junto con Yalá.Su antiguo partido, el PAIGC, respaldó al expresidente interino Malam Bacai Sanhá como su candidato.Según este relato, Vieira sobrevivió a una explosión y al colapso del techo de la villa presidencial y luego recibió un disparo cuando salió herido, de los escombros del palacio presidencial; sin embargo, permaneció vivo hasta que lo mataron a golpes de machete y disparos.
