Se desplegaron refuerzos de las fuerzas armadas en la frontera con Senegal para evitar nuevas incursiones guerrilleras.
Los rebeldes exigieron que todas las fuerzas de Senegal y Guinea se retiraran del país como condición previa para un acuerdo de paz definitivo, lo que fue rechazado por el gobierno.
En octubre los rebeldes acordaron una propuesta del gobierno para la creación de una zona desmilitarizada que separa las fuerzas en oposición en la capital.
En ese momento casi la totalidad de las tropas del gobierno habían desertado al lado de los rebeldes,[5] que se cree que controlan aproximadamente el 99% del país.
Más tarde ese mes, la comisión aprobó la estructura del nuevo gobierno, que fue integrada por diez ministros y siete secretarios de Estado.
En enero de 1999, Fadul anunció que las elecciones presidenciales y legislativas no tendrían lugar en marzo, como se prevé en el acuerdo de Abuya, y se retrasaría hasta el final del año.
También en enero se alcanzó un acuerdo entre el gobierno, los rebeldes y el CEDEAO sobre la fuerza de la fuerza de interposición del ECOMOG, que tenía 710 soldados.
En una reunión celebrada en Lomé, Togo, el 17 de febrero, João Bernardo Vieira y Mané Ansumane se comprometieron a nunca recurrir al conflicto armado de nuevo.
El Presidente de la Asamblea Popular Nacional, Malam Bacai Sanhá, fue nombrado presidente interino de la república hasta que se celebraron las elecciones.
En una reunión tripartita realizada a finales de mayo por los representantes del gobierno, la junta militar y los partidos políticos, se acordó que Vieira debe ser juzgado por su participación en el tráfico de armas a los separatistas de Casamance y por delitos políticos y económicos relacionados con sus condiciones en el cargo.
Las tropas del ECOMOG se fueron a principios de junio.
Ese mes Vieira se le permitía salir de Guinea-Bisáu para recibir tratamiento médico en Francia.
Sanhá citó razones humanitarias, para permitir la salida de Vieira, pero insistió en que él volvería a ser juzgado.
También se estipuló que a los cargos públicos principales solo podrían participar los nacidos en el país o hijos de nacionales.