Fue delegado al Quinto Congreso del PAIGC en diciembre de 1991, y en las primeras elecciones multipartidarias, celebradas en 1994, fue elegido a la Asamblea Nacional del Pueblo de Guinea-Bisáu por el 26º distrito electoral.

[1]​ Gomes fue elegido presidente del PAIGC en el Cuarto Congreso Extraordinario en enero-febrero de 2002.

Un portavoz presidencial acusó a Gomes de intentar desestabilizar el país.

El propio Gomes fue elegido en un escaño como candidato del PAIGC en la 24ª circunscripción, ubicada en Bisáu.

Gomes dijo en esa ocasión que su gestión se focalizaría en "el buen gobierno y la reforma del sistema judicial" y que él y Vieira iban a "dejar a un lado cualquier diferencia personal" en orden a trabajar por resolver los problemas del país.