Fue copiloto de rally durante diez años para diferentes pilotos: Hannu Mikkola, Achim Warmbold, Ove Andersson, Guy Fréquelin, entre otros.

Al acabar su carrera como copiloto pasó a formar parte del departamento deportivo de Peugeot como encargado de organizar y diseñar la construcción del Peugeot 205 Turbo 16.

Todt también dirigió el programa de Peugeot de prototipos Le mans cuando la marca ingreso en 1992, año en el que ganaron las 24 Horas de Le Mans con el Peugeot 905 conducido por Derek Warwick , Yannick Dalmas y Mark Blundell y, en 1993, nuevamente triunfan en Le Mans, tres coches 905B conducidos por Geoff Brabham ,Christophe Bouchut y Éric Hélary lograron un 1 -2-3 victoria.

En 1993, debido a la negativa de Peugeot a entrar en la Fórmula 1 como escudería, Todt abandonó Peugeot Sport y se enroló en la Scuderia Ferrari como director de la gestión deportiva.

Gracias a los fichajes de Michael Schumacher, y Ross Brawn y Rory Byrne como ingenieros, consiguió ganar seis títulos mundiales de constructores desde 1999.