Nació en el Pirineo francés[1]​ y comenzó a estudiar Arqueología en 1959, durante la enseñanza secundaria.

Se retiró oficialmente en 1999, pero sigue estando aun activo como colaborador de campo.

[1]​ Clottes tuvo un papel destacado en el estudio de dos de las más famosas cuevas prehistóricas pintadas descubiertas hasta la fecha: la gruta Cosquer, bajo el agua, descubierta en 1985 en los acantilados en la costa cerca de Marsella, y la espectacular cueva de Chauvet, descubierta en 1994.

[3]​ La datación por radiocarbono reveló que las pinturas de Chauvet tienen aproximadamente 30 000 a 32 000 años, es decir son más de 2000 años más antiguas que las hermosas y sofisticadas pinturas rupestres más antiguas conocidas.

[3]​[4]​ En 1994 se unió al antropólogo sudafricano David Lewis-Williams para estudiar arte prehistórico a la luz de los fenómenos conocidos neuropsicológicos asociados a tranceschamánicos.