Jean-Baptiste Rey estudió música en la Abadía de Saint-Sernin, donde fue monaguillo.
En 1788, Rey escribió el tercer acto de la ópera Arvire et Evelina que su amigo Antonio Sacchini dejó inacabada a su muerte.
Se demostró, sin embargo, su capacidad para adaptarse a los cambios en el régimen.
En 1802, fue excluido del Conservatorio como víctima de las luchas en torno a desacuerdos teóricos.
Sin embargo, una tragedia familiar le sucedió cinco años más tarde, cuando su hija murió.