Fue bastante regular durante la temporada y logró como mejor resultado una cuarta plaza en el Circuit de Catalunya, además se llevó el trofeo al mejor Júnior de la temporada al batir a su único rival Roc Mas.

Para 2005 ficha por Racing Engineering, hasta el momento la mejor escudería del campeonato, Javi realiza una gran temporada empatando a puntos en la tercera posición del campeonato con Ricardo Risatti III y llegando con opciones de campeonar a la última ronda.

[5]​ Además, estableció un nuevo récord de precocidad en el campeonato al vencer con 19 años y 8 meses, mejorando el que tenía Nico Rosberg, que ganó su primera carrera superada ya la veintena.

Villa también fue el más joven en subir al podio y en liderar una carrera.

[8]​ En la temporada 2008, siguió corriendo las GP2 Series con en la escudería Racing Engineering[9]​ y aunque todo indicaba que si seguía con la progresión sería uno de los pilotos que pelearía por el título, sólo logró 8 puntos durante el año.

Villa se pasó a los turismos para disputar la MINI Challenge España con la escudería Lenker&Grümblau.

[13]​ En 2011 seguiría en esa categoría, pero corriendo en solitario y siendo finalmente cuarto tras perderse la tercera ronda.

La temporada siguiente repitió ya en la renombrada Nascar Wheelen Euroseries, pero la abandonó a la mitad aquejado de los problemas mecánicos que sufría su coche.