Entre sus obras más conocidas destacan la novela El viajero de Praga (1996) y el cuento Angelote, amor mío (1982).

En agosto de 2022, el presidente Guillermo Lasso le otorgó el Premio Nacional Eugenio Espejo, máximo galardón cultural ecuatoriano, en honor a su trayectoria literaria.

Bajo su dirección se editó la colección de cuentistas ecuatorianos, traducida al inglés, francés y alemán.

Durante este período se publicaron novelas de escritores como Francisco Tobar García, Gino Lofredo, Javier Ponce y Gustavo Vásconez Hurtado.

En abril de 2007, la editorial Taurus (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).

En el año 2012, Editorial Alfaguara publicó La otra muerte del doctor, una novela corta de Vásconez que vuelve sobre la figura del doctor Josef Kronz y sobre un episodio oscuro de su vida: su estadía en el páramo ecuatoriano.

Durante el primer semestre de 2015, Vásconez participó como jurado del Premio Rómulo Gallegos, en Venezuela.

Las obras de Javier Vásconez permiten descifrar las constantes temáticas del autor y, sobre todo, los lugares únicos en los cuales se identifican los acontecimientos, la descripción del discurso, es decir, el manejo temporal y espacial, la construcción de personajes y las formas narrativas, nos enseñan el estilo que el autor acogió a los largo de todas sus obras.

La variedad de recursos que ha usado para levantar su decisiva obra la convierten en un conjunto muy ambicioso y, al mismo tiempo unitario.

El escritor ha buscado entender el espíritu de su ciudad, lo que logró introduciéndose en sus agujeros y finalmente ha recreado Quito, inventándola.