Entre 1993 y 1999 realiza para los Servicios Informativos de Telemadrid la serie documental 30 minutos, entre los cuales resaltan La memoria herida (1997) o Cartas al Sahara (1999).
El ciclo se tituló: Javier Rebollo y Lola Mayo: en los límites de la realidad.
Entre 1997 y 2002 Rebollo dirige los cortometrajes En medio de ninguna parte (1997, 35mm), ¡Hola, desconocido!
(1998, 35mm), El equipaje abierto (1999, 35mm), El preciso orden de las cosas (2001, 35mm) —episodio de un filme colectivo realizado para el programa Versión Española dirigido por Santiago Tabernero para Televisión Española-, y En camas separadas (2002, 35mm).
Rebollo ha reivindicado el cortometraje como género mayor: «no lo considero trampolín ni salto a nada sino un sitio del que ir y venir como otros directores europeos hacen de manera saludable como Agnes Vardá o Chantal Akerman».
En el año 2009 Rebollo dirige La mujer sin piano, protagonizado por Carmen Machi y Jan Budar.
Por esta película Sacristán ha obtenido la Concha de Plata del Festival de San Sebastián, el Premio Goya al Mejor Actor así como el Premio Gaudí al Mejor Actor.
En San Sebastián la película recibe también el FIPRESCI- Premio de la Crítica Internacional.
En el 2007 se le han dedicado nuevos ciclos retrospectivos de todos sus trabajos en cine en Essone (Francia) y Tübingen (Alemania).