Hijo de don Ramón Ovalle Vivar y su primera esposa, doña Francisca Errázuriz Aldunate.

Posteriormente, en 1809, su tía, Mercedes Errázuriz Aldunate pasa a ser su madrastra al contraer ésta segundias nupcias con su padre.

Contrajo matrimonio con Isabel Vicuña Aguirre, hija del expresidente del Senado, Francisco Ramón Vicuña Larraín.

La relación con su suegro no era de las mejores, ya que Javier Ovalle pertenecía a una familia conservadora, de hecho, en 1829, siendo su suegro Presidente del Senado, Javier fue elegido diputado suplente por Rancagua y Maipo, aunque no tuvo oportunidad de incorporarse en propiedad.

Integró las cúpulas del Partido Conservador, fue elegido en 1831 diputado propietario por San Felipe y Los Andes.