El jardín botánico está situado en el extremo suroeste de la península de Shimabara en una colina junto al mar donde el terreno se convierte en un acantilado, frente al mar en la Bahía Tachibana que lleva al Mar de la China Oriental de Amakusanada.
Planos y vistas satelitales.32°35′33.8″N 129°48′3.9″E / 32.592722, 129.801083 El jardín es visitable por el público en general, pagando una tarifa de entrada.
La andadura del jardín botánico subtropical de Nagasaki comenzó cuando el "Ministerio Provincial de Agricultura y Silvicultura" que tenía previsto el suministro de plántulas y un centro de producción de plantas ornamentales tropicales y subtropicales, como parte del desarrollo industrial en el año 1963, estableció un jardín en Nagasaki para cultivar palmas, flores y árboles subtropicales.
Viendo que el lugar reunía elementos suficientes como un destino turístico, siguiendo un plan de cinco años se acondicionó el edificio principal, sus huertos, la cascada Nobozaki todo ello junto a una hermosa costa y dado sus condiciones climáticas cálidas, se decidió la apertura del lugar como "jardín botánico subtropical de Nagasaki" en junio de 1969.
Por lo tanto, en este ámbito, se dan las condiciones adecuadas para el desarrollo de plantas subtropicales al aire libre.