Su código de identificación internacional como institución botánica afiliada al BGCI, así como las siglas de su herbario es STDOM.
El Fideicomiso recibió apoyo adicional del Gobierno Federal a través del Consejo Nacional para la Cultura y las Artes y el Instituto Nacional de Antropología e Historia.
El Jardín representa así la gran diversidad de climas, formaciones geológicas y tipos de vegetación que caracterizan a Oaxaca.
El Jardín forma parte del Centro Cultural Santo Domingo, que ocupa el antiguo convento que fue construido en los siglos XVI y XVII para los frailes dominicos.
Este espacio sirvió como cuartel de mediados del siglo XIX hasta 1994 y estuvo ocupado por dormitorios, estacionamientos, canchas deportivas y otras instalaciones militares El jardín etnobotánico de Oaxaca alberga unas 7330 accesiones de plantas custodiadas (semillas, germoplasma), y unas 1300 especies cultivadas, pertenecientes a unos 474 géneros, 140 familias botánicas.