Los ministerios utilizan la denominación inglesa de Japanese Government Railways (JGR) para referirse a su red ferroviaria.
Durante la Segunda Guerra Mundial, muchas líneas de la JGR fueron desmanteladas para suministrar acero al esfuerzo bélico.
Sin embargo, la JNR no era una empresa estatal, y su contabilidad iba independiente del presupuesto nacional nipón.
Numerosas líneas ferroviarias rurales sin suficientes pasajeros comenzaron a presionar su gestión y mantenimiento, creando más deuda interna.
y las deudas pendientes de la antigua corporación se transfirieron a la contabilidad general del presupuesto nacional.
Las listas de los trabajadores a ser contratados por las nuevas compañías del Grupo JR fueron elaboradas por la antigua JNR.
En aquel entonces hubo una considerable presión sobre los miembros del sindicato ferroviario a abandonar su afiliación, y después de un año los miembros del llamado "Sindicato Nacional de Trabajadores Ferroviarios" (国鉄労働組合, Kokutetsu-rōdō-kumiai?
La JNR operaba todos los servicios ferroviarios de pasajeros y mercancías del país.
El Shinkansen, que constituyó en su día el primer Ferrocarril de alta velocidad, fue estrenado por la JNR en 1964.