Originalmente las instalaciones pertenecieron a la Japanese Government Railways (JGR), compañía controlada directamente por el Gobierno japonés.Shinjuku seguía siendo un barrio tranquilo en aquellos momentos y por ello la estación no estaba muy transitada.En agosto de 1967 descarriló un tren de mercancías que transportaba combustible a la base aérea que los norteamericanos tenían en Tachikawa, causando fuego y graves daños en la línea Chūō.La estación se convirtió en el principal centro de las protestas estudiantiles que tuvieron lugar entre 1968 y 1969, las mayores disturbios que tuvieron lugar en el Japón de la posguerra.[6] En julio, finalmente, la policía antidisturbios desalojó la plaza subterránea con gases lacrimógenos, lo que representó una significativa derrota del activismo civil en Tokio.
Señalización de la Estación de Shinjuku de la línea Saikyo de JR.