Originalmente las instalaciones pertenecieron a la Japanese Government Railways (JGR), compañía controlada directamente por el Gobierno japonés.

Shinjuku seguía siendo un barrio tranquilo en aquellos momentos y por ello la estación no estaba muy transitada.

En agosto de 1967 descarriló un tren de mercancías que transportaba combustible a la base aérea que los norteamericanos tenían en Tachikawa, causando fuego y graves daños en la línea Chūō.

La estación se convirtió en el principal centro de las protestas estudiantiles que tuvieron lugar entre 1968 y 1969, las mayores disturbios que tuvieron lugar en el Japón de la posguerra.

[6]​ En julio, finalmente, la policía antidisturbios desalojó la plaza subterránea con gases lacrimógenos, lo que representó una significativa derrota del activismo civil en Tokio.