Su familia se dividió por la controversia religiosa que causó el rey al romper relaciones con el papa.

La madre de Jane falleció en 1552, y eso decantó su fe hacia al catolicismo.

Jane y Gómez se habían conocido a la llegada de Felipe II en Inglaterra en 1554 para casarse con María I, y esta había alentado el matrimonio, pero éste se aplazó hasta que Felipe regresara tras las campañas en el extranjero.

Cuando fue sustituido en 1559, regresó a España mientras que Jane se quedó en Inglaterra para reunirse después con su esposo.

Cuando llegó a la corte, que en esas fechas estaba establecida en Toledo, fue recibida con gran afecto.

El rey Sebastián I de Portugal había enviado a un emisario para darle la bienvenida y le regaló una joya tasada en 8000 ducados.