Su madre era hija de los destacados artistas renacentistas flamencos Pieter Coecke van Aelst y Mayken Verhulst.Se cree que después de la muerte de su madre en 1578, Jan, junto con su hermano mayor Pieter Brueghel el Joven y su hermana Marie, se fueron a vivir con su abuela Verhulst, que para entonces ya había enviudado.Jan y su hermano también pueden haberse formado con artistas locales en Bruselas que eran diseñadores de tapices.[3] Jan y su hermano Pieter fueron enviados a Amberes para estudiar pintura al óleo.Según Karel van Mander, estudió con Peter Goetkint, un importante comerciante que tenía una gran colección de pinturas en su taller.[4] Era habitual que los pintores flamencos de aquella época viajaran a Italia para completar sus estudios.Jan Brueghel partió hacia Italia, primero a Colonia, donde vivía su hermana Marie y su familia.Más tarde visitó Frankenthal, un importante centro cultural donde trabajaban varios paisajistas flamencos.Rottenhammer pintó composiciones religiosas y mitológicas, combinando elementos de estilo alemán e italiano, que eran muy apreciados.En Roma también conoció al cardenal Federico Borromeo , que desempeñó un papel importante en la Contrarreforma y también fue un ávido coleccionista de arte.El cardenal se convirtió en amigo y mecenas de Brueghel durante toda su vida.Al ser inscrito formalmente como burgués ese mismo año, Brueghel pudo finalmente ser decano.Su esposa Isabella de Jode murió ese mismo año dejándole con dos niños pequeños.Con su segunda esposa, Catharina van Mariënburg, tuvo ocho hijos, de los cuales Ambrosius se convirtió en pintor.En 1612 o 1613, Peter Paul Rubens pintó un retrato de Jan Brueghel y su familia (Courtauld Institute, Londres).Rubens, Hendrick van Balen el Viejo, Cornelis Schut y Paulus van Halmaele fueron los ejecutores de su testamento.Tenía una técnica miniaturista lograda que le permitía conseguir una descripción precisa de la naturaleza.[13] Sus paisajes paradisíacos, apelaron a las preferencias estéticas de los aristócratas que aman coleccionar objetos tan preciosos.
