Al terminar la escuela, hizo su servicio militar en la Fuerza Aérea entre 1951 y 1960.

[2]​ El gobernador segregacionista Ross Barnett se opuso tenazmente a su ingreso, y promovió manifestaciones que requirieron intervención del ejército y varios agentes federales, enviados por el presidente John F. Kennedy.

Hubo violentos disturbios, que culminaron con dos muertos (incluyendo un periodista francés, Paul Guihard)[3]​ y más de 300 heridos (entre ellos 48 soldados y 30 agentes federales), pero Meredith consiguió finalmente ser admitido en la universidad.

Esto marcó un hito en la historia del movimiento por los derechos civiles en Estados Unidos.

Desilusionado por la falta de apoyo por parte de otros sectores políticos, se enroló en el Partido Republicano e intentó varias veces ser electo al Congreso, sin éxito.