Su domicilio fue registrado encontrándose en él: No fue procesado entonces, ante la insuficiencia de las pruebas[4]​ y comprobarse que el teléfono que había aparecido en la agenda del terrorista Courtailler, se transcribió erróneamente, no correspondiendo como se creyó inicialmente a su madre, Aicha Achab, con la cual vivía[5]​ En la madrugada del 12 de marzo de 2004, los investigadores descubrieron una tarjeta telefónica perteneciente a Jamal Zougam que estaba conectada a una bomba sin explotar.

Zougam ha sido condenado como autor material junto con otros de la matanza del 11-M por haber colocado una de las mochilas bomba en los trenes y participado en su fabricación proporcionando los teléfonos móviles empleados en su detonación.

Desde el primer momento Zougam se declaró inocente, declarando en el juicio que es imposible que pudiera estar en los trenes, pues «estaba durmiendo en mi casa» hasta las diez de la mañana, y los testigos que le reconocieron según él habrían incurrido en múltiples contradicciones, además de reconocerle solo después de haberle visto en televisión.

El diario insinuaba a su vez confusas relaciones entre la condena y la cacería, celebrada en 2009, que forzó a la dimisión del ministro de justicia Mariano Fernández Bermejo, o con la medalla concedida al juez Javier Gómez Bermúdez.

[12]​ Sin embargo, las informaciones del citado medio, han sido doblemente cuestionadas.

[13]​ Y segundo, que el diario El Mundo habría presionado a los testigos citados al objeto de exculpar a Jamal Zougam, según una denuncia presentada en la Audiencia Nacional.