[4]​ Estudió teología en Salamanca, ciudad en la que fue nombrado rector de la universidad en 1662,[5]​ y cánones en Zaragoza, donde también sería nombrado rector en 1669,[6]​ rechazando el ofrecimiento de convertirse en obispo de Plasencia.

Finalmente, tras la condena definitiva por la inquisición a Miguel de Molinos, que pasó el resto de su vida en prisión, el mismo arzobispo tuvo que retractarse en otoño de 1687 en una carta pastoral en la que llamó a su antiguo y admirado amigo Hijo de maldad y de perdición, infernal monstruo y pérfido miserable.

También le encargó al fraile franciscano fray Juan de San Bernardo la redacción de una biografía de Santa Rosalía que se publicó en Sevilla en el año 1689.

Fue el impulsor de la fundación del Convento de Santa Rosalía en Sevilla, para lo cual se trasladaron unas monjas clarisas capuchinas desde Zaragoza entre las que se encontraba su hermana, Josefa de Palafox y Cardona, que fue la primera abadesa, y su sobrina sor Andrea Serafina Moncayo Palafox.

El edificio se comenzó a construir en el mes de octubre de 1701, sin embargo, el arzobispo no pudo ver la obra finalizada pues falleció dos meses después, el día 2 de diciembre del mismo año.