Apareció en Esperando a Godot en el Royal Court Theatre, y con la Royal Shakespeare Company en Final de partida, en el teatro Aldwych.

Allí hizo amistad duradera con Peter O'Toole, con quien apareció en la película de Richard Brooks Lord Jim (1965).

Pero la carrera de MacGowran en el cine había comenzado en Irlanda: No Resting Place (1951).

Muchos de sus primeros filmes fueron rodados en su país: El hombre tranquilo (1952), The Gentle Gunman (1952), Rooney (1958) y Darby O'Gill and the Little People (1959).

Otras películas importantes: The Titfield Thunderbolt (1953), Tom Jones (de Tony Richardson, 1963), Doctor Zhivago (David Lean, 1965), How I Won the War (Richard Lester, 1967), en la que trabajó con el cantante John Lennon); hizo asimismo el papel protagonista, el profesor Collins, en Wonderwall (1968), de Joe Massot.