Los conquistadores españoles y los evangelizadores al cambiar la ubicación del pueblo trataron de borrar todo vestigio del mismo, anteponiéndole la expresión o vocablo San Jerónimo, pues se considera que IQUE GUIDXI como se le llamó IXTEPEC O DANIGUEZA era un señorío central que regía y controlaba toda el área de Zopiloapam y suponemos que un núcleo secundario desprendido de IQUE GUIDXI, estuvo en la Huana Mílpería, El Carrizal y Barrio Tepalcate.
Esta cronología se confirma con la cerámica posclásica encontrada en la periferia del cerro de la Laguna Encantada.
Es así, como mediante estos descubrimientos, es que se apoya la teoría de que El Carrizal, una aldea localizada en el margen derecho del río Los Perros presentó su principal ocupación en la fase Kuak (100 a. C. - 200 d. C.).
A las figurillas que aparecían en las excavaciones, al arar la tierra o cuando llovía, se les llama precisamente binnigula'sa, y es la prueba ancestral que dejaron estos habitantes como evidencia de su asentamiento en estas tierras.
Es así como “Iztepeque” continúa siendo una población zapoteca adaptada a las nuevas costumbres impuestas por los españoles pero a su vez logra conservar gran parte de sus raíces indígenas conviviendo en armonía en un ambiente de mezcolanza pacífica.
Para el siglo XIX, después de que México alcanzara su independencia como nación, Ciudad Ixtepec era una comunidad indígena cuya economía se basaba en la autosubsistencia y además había adoptado el nombre de Villa de San Jerónimo Doctor, ya que este es el nombre del Santo Patrono local heredado del catolicismo español.