Junto con el islote Marta forman una de las más importantes pingüineras del sur de Chile, conocida como el Monumento Natural Los Pingüinos,[1] Por cual está prohibida la pesca en los alrededores de la isla, para preservar siendo supervisada y administrada por la Corporación Nacional Forestal,[2] quien además cuida en comodato el Faro Isla Magdalena.
[3] Es un importante refugio natural para especies como el pingüino de Magallanes, cormorán, lobos marinos entre otras.
[2] Por ello existe un programa de monitoreo para evaluar el daño turístico en la isla y además realizar estudios entre los pingüinos de la Isla Magdalena y las islas Malvinas, donde la pesca no está prohibida.
Magallanes ha visto definitivamente la isla al pasar por primera vez en el estrecho, Pigafetta, hablando de la deserción de la San Antonio cita en su famoso libro El primer viaje alrededor del globo, para alertar a la tripulación de la nave.
Esta isla es, sin duda, la Isla Magdalena, ya que no hay otras islas en el estrecho que acojan colonias de leones marinos y/o pingüinos, salvo que los presentes en la cercana Isla Marta, donde, sin embargo, no hay puertos naturales que permitan desembarcar.