Este, incapaz de devolver el préstamo solicitado y extinguir sus deudas, cedió a Urthuburu su dominio sobre la isla Floriana.

En 1860, Villamil, en un intento por solventar cualquier posible problema hereditario tras su muerte, propuso a Urthuburu comprarle la isla, que previamente le había cedido.

Ecuador, por su parte, se dedicó a negar la autenticidad del reclamo y la considera como suya.

Fue llamada así en honor a Juan José Flores, el primer Presidente de Ecuador, durante cuya administración el Gobierno ecuatoriano tomó posesión del archipiélago.

Varios extranjeros hicieron intentos fallidos; entre ellos, noruegos, estadounidenses y otros alemanes, siendo Rolf Wittmer el primer nativo de la isla.

En septiembre de 1835 Charles Darwin, en el segundo viaje del HMS Beagle, visitó la isla.