La mayor altitud de la isla alcanza 50 metros sobre el nivel del mar.
La isla Don Martín de forma trapezoidal y relieve casi plano, presenta por el lado suroeste unas pequeñas formaciones rocosas y por el lado este existe una zona conocida como La Península, que es un espacio donde además de encontrarse un muelle, se sitúan también espacios en los cuales se aloja un contingente de operarios que arriban a la isla en la época de extracción del guano.
El mundo submarino de la isla Don Martín muestra un impresionante paisaje y mucha vida, donde los peces e invertebrados son los grupos taxonómicos más representativos.
Las especies más abundantes de peces está representada por el pejesapo (Gobiesox marmoratus), machete (Ethmidium maculatum), lorna (Sciaena deliciosa), etc.
Los invertebrados entre moluscos y crustáceos se encuentran el caracol turbante (Tegula atra), concha de abanico (Argopecten purpuratus), almeja (Semele corrugata), chorito (Semymitilus algosus), cangrejo peludo (Cancer setosus), caracol luna (Natica caneloensis), lapa (Fisurella crassa), cangrejito (Pilumnoides perlatus), barquillo (Chiton cumingsii), etc.