La mención más antigua de la isla es del año 1095, cuando Vimara Menendiz hizo una donación al monasterio de San Miguel «in locum Quonicularia intus mare et face Saure.» ("en el lugar de Coelleira, en el mar, en la boca del río Sor"), lo que sugiere que estuvo ocupado por monjes en un tiempo anterior.

Cuando reaparecen las noticias, en 1420, pertenecían a la comunidad monjes regulares de San Agustín.

Aunque hay varias teorías sobre el nombre, la más aceptada es la que se refiere a la abundancia de conejos (en gallego, coellos).

Hay otras islas con el nombre de Coelleira en otros lugares, aunque no en Galicia.

Un ejemplo es el de las Islas Baleares, donde se sitúa la isla Conejera.