[1] En 1565, con el consentimiento de tanto el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico como del Papa,[2] fue elegida coadjutora de Ana II, la primera abadesa de Quedlinburg protestante.
La abadesa Ana II murió el 4 de marzo de 1574;[3] un día después de la muerte de Ana II, Isabel fue consagrada princesa-abadesa de Quedlinburg,[4] y como tal también era princesa del Sacro Imperio Romano Germánico.
Isabel II fue la segunda abadesa protestante de Quedlinburg y la primera en ser protestante en el momento de su elección.
Isabel II tuvo que aceptar el acuerdo para imponer impuestos conjuntamente con Augusto.
La abadesa Isabel II hospedó una conferencia teológica en 1583, un año antes de su muerte.