Ana no se atrevió a expresar su confesión evangélica durante el reinado del duque Jorge de Sajonia.
No obstante, Jorge murió en 1539 y fue sucedido por su hermano protestante, Enrique IV, lo que dejó libertad a Ana II para públicamente expresar su fe luterana e introdujo la Reforma en Quedlinburg.
[1] Con ello, Ana II perdió algunos de los privilegios y jurisdicción que tradicionalmente disfrutaban las abadesas territoriales católicas.
[2] Ana, quien gobernaba un territorio considerable, estableció el luteranismo en todas las casas bajo su jurisdicción; el servicio del coro de la iglesia de la abadía fue abandonado y las oficinas monásticas se redujeron a cuatro, aunque los antiguos títulos oficiales permanecieron.
Como princesa-abadesa, Ana II controlaba nueve iglesias, dos monasterios masculinos y un hospital.