Isabel Márquez Pérez (Badajoz, 1967) es una astrónoma española.
Tras una estancia posdoctoral en el Institut d'Astrophysique de Paris, se incorporó al Instituto de Astrofísica de Andalucía, donde trabajó como investigadora postdoctoral, contratada Ramón y Cajal, científica titular y, desde 2009, investigadora científica.
Fue revisora experta del FP7 europeo, para las Acciones Marie Curie, para la Fundación Nacional Belga para la Ciencia y para el programa ADAP de la NASA.
Su actividad investigadora se centra en el estudio de la actividad nuclear en galaxias a varias frecuencias (óptico, infrarrojo y rayos X), en el extremo de baja luminosidad.
Condecorada por la ministra de Igualdad en 2021 como Charo Suprema con la orden del mérito Charil.