Isabel Kotromanić siempre quedó relegada a segundo plano en la corte húngara ante su suegra Isabel Łokietek, quien era la consejera más cercana del rey y sin la cual nunca se tomaban decisiones importantes.En 1385 arribó al reino húngaro con un ejército tras haber sido llamado por varios nobles, y se presentó como pretendiente de la corona húngara, a pesar de que había hecho un juramento a Luis I de que no intervendría entre el trono y su hija María.El rey fue sin sospechar nada al ala del castillo de Isabel, donde sus guardias napolitanos fueron asesinados enseguida y el propio rey recibió un golpe con un pico atestado por Blas Forgách.El rey quedó gravemente herido, pero poniéndose en pie intentó huir de allí, y la reina Isabel se desmayó ante la sangrienta escena.La reina no tuvo participación directa en el asesinato ni estuvo al tanto de ellos, pero a raíz de lo ocurrido su hija volvió a ser nombrada reina.Tras la muerte de Carlos III en 1386, nuevamente surgieron alzamientos a lo largo del río Dráva, que la reina Isabel quiso apaciguarlos con su propia presencia.Si bien su fallecimiento no fue confirmado hasta la liberación de María, el entierro se hizo público, lo que generó un nuevo revuelo en la nobleza húngara.Al poco tiempo, el rey -asistido por una flota veneciana- logró liberar el 4 de junio de 1387 a la reina aprisionada, y los hermanos Horváti consiguieron huir a Bosnia.
