Sin embargo, varios factores interiores amenazaron la estabilidad del país, entre ellos el conflicto con Irán y con la propia comunidad chiita dentro de Irak.

La revolución iraní a principios de ese año había derrocado a la monarquía prooccidental del Shah Mohammed Reza Pahlevi y establecido una República islámica (de naturaleza chiita) liderada por el Ayatollah Khomeini, lo cual fue detonante para las protestas chiíes contra el gobierno.

La respuesta internacional resultante condujo a la Guerra del Golfo Pérsico, que Irak perdió.

Finalizada la guerra, con entre 20.000 y 35.000 bajas para Irak, la ONU dio inicio a una serie de sanciones económicas que tenían como finalidad hacer colapsar al régimen baazista.

Todas las líneas telefónicas fueron cortadas a las 3:00, momento en el cual varios tanques se detuvieron frente al Palacio Presidencial.

Arif pidió más tiempo, pero luego de buscar apoyos infructuosamente se rindió y presentó su renuncia a al-Bakr, el cual en agradecimiento garantizó su seguridad.

Tanto al-Bakr como Hussein habían decidido en una reunión secreta que liquidarían a Naif y Daud "antes o después de la revolución".

[11]​ La mayor parte del período inicial de 1968 fue utilizada por al-Bakr para reprimir cualquier pensamiento no baazista.

Para cuando al-Bakr renunció y le entregó el poder a Sadam, todos los principales líderes del Partido Comunista ya habían sido expulsados del país, se encontraban en prisión o habían sido ejecutados.

Si bien Hussein intentó inicialmente establecer relaciones cordiales con Irán, las diferencias ideológicas no pudieron sortearse.

Mientras que Irán estaba ahora gobernado por islamistas chiíes, el gobierno de Irak era secular y sus cabecillas religiosos eran mayoritariamente suníes.

Irak consideraba que, después de la revolución, Irán, anteriormente reconocida como potencia militar regional, se habría convertido en un Estado débil debido a que gran cantidad de oficiales y soldados habían sido expulsados por sus ideas políticas.

Irán veía la invasión como un logro, y su victoria sería una demostración de gloria para la revolución.

[25]​ Sus armas químicas fueron producidas con materiales de doble uso otorgados por Estados Unidos y algunas compañías alemanas.

Terminada la guerra, debió centrarse además en el Kurdistán iraquí, que se había rebelado aprovechando la inestabilidad.

Hussein nombró a su primo Ali Hassan al-Mayid jefe militar del Kurdistán, y este utilizó armas químicas contra la población civil.

La invasión, llevada a cabo ante la sorpresa mundial, tuvo pronto una reacción de condena internacional.

A pesar de que la homosexualidad siempre fue un tabú en Irak, Hussein se había negado a criminalizarla para preservar el carácter laico de su gobierno, aunque el Partido Baaz normalmente hacía redadas en locales considerados para homosexuales.

Los chiíes, que se oponían a la Campaña de la Fe por considerarla una declaración directa del predominio suní, fueron tratados como Rafidah (término despectivo de los sunníes para referirse a ellos) y comúnmente perseguidos y desacreditados.

[35]​ En el 2007 Alan Greenspan, expresidente del banco central estadounidense (la Reserva Federal), aseguró en su libro de memorias que el verdadero motivo para invadir Irak no eran las razones expresadas públicamente relativas a las supuestas armas de destrucción masiva y acabar con las supuesta relación entre el gobierno baasí iraquí y la organización guerrillera Al Qaeda; sino controlar las reservas de petróleo y evitar que la Unión Europea o potencias emergentes como China e India se acercaran a esas gigantescas reservas de petróleo.

Al llegar a los tan temidos anillos defensivos apenas si se encontró oposición destacable.

Muchos aseguran que la Guardia Republicana no presentó pelea debido a los demoledores bombardeos estadounidenses contra las líneas iraquíes y a la deserción masiva de las tropas; otros sostienen que los comandantes dieron la orden a sus soldados de retirarse y mezclarse entre la población para continuar la lucha mediante una guerra de guerrillas que ya se estaba organizando.

Otros problemas fueron la erosión gradual de la moneda fuerte del gobierno y su creciente deuda externa.

Los programas sociales que se habían establecido en la década anterior comenzaron a deteriorarse y el nivel de vida promedio disminuyó.

Kuwait y las políticas petroleras de los EAU se pudieron sentir en 1990, cuando los precios internacionales del petróleo disminuyeron a US $ 13,67 por barril.

Esta vez, la repentina caída en los precios del petróleo desencadenó reacciones en Irak; En al-Thawra , el periódico del partido Baaz, el ministro de Relaciones Exteriores, Aziz, criticó a Kuwait y las políticas petroleras de los EAU.

Si bien las sanciones tuvieron éxito desde un punto de vista económico, fracasaron políticamente; Saddam gobernaría Irak hasta 2003.

Si bien no se puede confiar por completo en las estadísticas oficiales, estas mostraron un crecimiento masivo en la tierra cultivable: de 16 446 en 1980 a 45 046 en 1990.

[65]​ Si bien el sector agrícola mejoró, la mayoría de los demás indicadores económicos se deterioraron.

Sin embargo, el período estuvo marcado (especialmente bajo Saddam Hussein) por luchas sectarias, religiosas y políticas entre el gobierno y otros grupos: musulmanes chiitas (principalmente extraídos de los árabes, este grupo religioso formaba una mayoría absoluta) que buscaban crear una teocracia iraquí; kurdos (kurdos) étnicos pueblo kurdo, que buscaron la independencia de su región sunitas con una ideología islamista y no baazistas (como los comunistas iraquíes que fueron fuertemente reprimidos en 1978).