En 1979, se retiró por motivos de salud, siendo sustituido por su vicepresidente Sadam Huseín.[3] Se casó con su prima Ghayda Nada Hussein, y los dos pertenecían a la tribu Al Abu Naser(Albijat).Tuvo tres hijos: Haitham, Salam y Mohamed, este último fallecido tras un accidente.Durante este periodo al Bakr aprovecharía para ampliar su poder dentro y fuera del Baaz hasta convertirse en el político más poderoso de Irak.Carente de la influencia política y el carisma de su fallecido hermano, Abd ar-Rahman Arif vio asentarse la influencia del «Partido del Renacimiento» también en las Fuerzas Armadas.En 1968 Al Baath logró llevar acabó un golpe de Estado en contra del presidente Abdul Rahman Aref y se convirtió Ahmed Hasán Al Bakr en el presidente de la República.[6] A partir de 1976 al Bakr empezó a delegar funciones en su lugarteniente, Sadam Huseín, por entonces un joven líder del Partido Baaz que nunca había prestado servicios en las Fuerzas Armadas.Por influencia de Sadam en 1978 se prohibió toda actividad política diferente a la del Baaz.[20] Retirado de la política, Ahmed Hasan Al Bakr murió en Bagdad en 1982.
