El fundamento es que las sustancias iónicas poseen carga eléctrica y tienden a desplazarse hacia el polo de signo contrario, donde son absorbidas a través de la piel.
[2][3] De esta forma se consigue que ciertos medicamentos atraviesen la piel y realicen su efecto en el interior del organismo, evitando su paso por el tubo digestivo y sin necesidad de administrarlos por vía inyectable.
[4] También se emplea en fisioterapia para tratar procesos inflamatorios agudos de origen muscular o articular, como la fascitis plantar y la epicondilitis.
Los principales efectos secundarios pueden producirse por reacciones alérgicas a los medicamentos que se aplican o debidos a la producción accidental de quemaduras tanto de origen térmico como químico.
Cuando se usa iontoforesis para realizar el test del sudor, en el electrodo positivo se coloca pilocarpina, medicamento que estimula la producción de sudor y en el electrodo negativo una solución de bicarbonato.