Este acto de resistencia impresionó a los cronistas japoneses y pervivió hasta el siglo XIX.

Más tarde, los lusos ampliarían sus actividades para incluir a China, con quien comerciaban con seda desde el asentamiento portugués de Macao, ya que China tenía prohibido comerciar directamente con Japón, y por ello los lusos podían servir como intermediarios mercantiles con todos sus beneficios.

Por su parte, el imperio español también buscaba hacerse su propio hueco en Japón, a pesar de la unión política que le vinculaba con la Corona portuguesa desde 1580.

[4]​ Al resto se les permitió marcharse tras firmar una declaración jurada que absolvía a los portugueses de toda culpa.

[1]​ En el período que siguió al incidente, la principal carraca disponible en Macau era una embarcación conocida como Nossa Senhora da Graça (o Madre de Deus, según otras crónicas).

[2]​ Al llegar los portugueses a Nagasaki, el bugyo Hasegawa Fujihiro y el daikan Murayama Toan se mostraron inusualmente obstructivos con ellos, primero exigiendo inspeccionar la nave, luego negociando con ferocidad, y finalmente acusando a los portugueses de estar promoviendo un mercado negro.

[4]​ Probablemente al tanto de esto, y procurando no dar motivos a los japoneses para desviar sus compras al Hirado holandés, Pessoa calmó la situación pidiendo la mediación de los jesuitas y pagando un soborno cuantioso a los dos funcionarios.

No obstante, sus deliberaciones se vieron interrumpidas por el naufragio en costas niponas del galeón español San Francisco, comandado por Rodrigo de Vivero, cuyos supervivientes fueron conducidos a la corte gracias al contacto por carta que Ieyasu y Vivero habían mantenido en el pasado.

El lusitano, sabiendo que cerca había un contingente de 1200 samuráis del clan Arima, no le creyó, y en su lugar ordenó que toda la tripulación acudiese al barco en situación de emergencia, dispuesto a partir lo antes posible.

Al ver que no el buque occidental parecía inexpugnable, Arima probó esta vez con diferentes estrategias.

Tras ello despachó a buceadores para cortar el ancla de la nave, pero también esto resultó infructuoso.

El capitán lusitano, comprensiblemente, se negó a seguir negociando en tanto los nipones no suspendieran las hostilidades.

[4]​ La torre se acercó al barco, pero la resistencia lusitana fue denodada y no permitió pasar más que a unos pocos asaltantes, dos de los cuales fueron abatidos personalmente por Pessoa.

Se produjo una deflagración en cadena que causó importantes daños en el Nossa Senhora, culminando en un grave incendio.

[1]​[4]​ Asediados por las llamas, Pessoa y sus hombres se hicieron fuertes en el castillo de proa, donde se hizo evidente que, con su reducida tripulación, no disponían de personal suficiente para sofocar el incendio y repeler a los asaltantes al mismo tiempo.

[1]​ Los samuráis abatieron a todos los portugueses que vieron en el agua, pero algunos consiguieron llegar hasta la costa.

[4]​ Los supervivientes y el resto de los portugueses en suelo nipón temieron un exterminio, especialmente al saberse la orden que Ieyasu había enviado, pero Arima tuvo remordimientos por la situación e intercedió por los jesuitas.

Al no suceder, Harunobu inició una intriga con Okamoto Daihachi, un ayudante cristiano de Honda Masazumi, causando un incidente por el que Arima fue exiliado y ejecutado en 1613.