Posteriormente, el país se convirtió totalmente al luteranismo, el cual ha permanecido desde entonces como religión dominante.
Con un bagaje de medio milenio largo en la observancia del catolicismo, Islandia se opuso abiertamente a aceptar el nuevo modelo de fe, máxime cuando el propio obispado local, encabezado por su prelado Jón Arason, decidió convertir el conflicto religioso en un motivo contundente para reafirmar la perdida independencia nacional.
Pero sus empeños resultaron baldíos, pues Dinamarca no podía consentir una escisión de sus territorios, y como medida preventiva ante la eventualidad de que Islandia se alzase en una rebelión absoluta, el obispo Jón Arason y sus dos hijos (teóricamente debería ser un obispo casto pero el celibato era una característica que aún no tenía el clero católico islandés), fueron asesinados vilmente tras la resolución definitiva que en 1550 señalaba el luteranismo como la religión oficial danesa.
En las zonas rurales con frecuencia varias parroquias son atendidas por el mismo sacerdote.
Muchos teólogos han de ir al extranjero para futuros estudios en los seminarios y universidades a ambos lados del Atlántico.