Comunidades cristianas se establecieron en los Balcanes en el siglo I por la predicación de los apóstoles Pablo y Andrés.

A principios del siglo IV el cristianismo se volvió la religión dominante en la región y ciudades como Sárdica (Sofía), Filipópolis (Plovdiv), Odessus (Varna) y Adrianópolis (Edirne) fueron significativos centros del cristianismo en el Imperio romano.

Las comunidades cristianas sobrevivientes lograron cristianizar hacia mediados del siglo XIX a la mayoría de los búlgaros, especialmente en Tracia y en Macedonia, pero sin restaurar la organización eclesial.

[3]​ El sucesor de Boris I, Simeón I de Bulgaria (893–927), proclamó un arzobispado autónomo búlgaro con sede en Preslav en 893 y sustituyó gradualmente al clero griego por búlgaros.

En 971 el patriarcado fue suprimido por Constantinopla, pero fue revivido en resistencia en 976 en Ohrid hasta la caída del Primer Imperio búlgaro en 1018, que puso fin al patriarcado siendo sustituido por el arzobispado autónomo de Ohrid en 1019.

Kaloyan también quiso que el papa reconociera a la cabeza de la Iglesia búlgara como patriarca.

Algunos búlgaros influyentes se aproximaron a la Iglesia católica en 1859-1861, en espera de que la unión con Roma le daría a su Iglesia la libertad que no obtenían de Constantinopla.

Criticó a Rusia por su postura negativa sobre la cuestión de la Iglesia búlgara y publicó documentos históricos sobre las buenas conexiones entre la Iglesia católica y el reino búlgaro en la Edad Media.

El primer movimiento uniato búlgaro se originó en dos centros: Kilkís (o Kukush) y Estambul.

[5]​ En 1859 ciudadanos de Kilkís escribieron una carta al papa en la que reconocían su liderazgo administrativo y espiritual.

La carta declaraba que los maestros de las escuelas de la Iglesia debían ser escogidos por el clero y la educación debía ser en el idioma búlgaro y su alfabeto nacional.

En diciembre de 1860 Constantinopla se volvió otro centro del primer movimiento uniato.

Para junio de 1861 no había nadie en Estambul que pudiera realizar servicios religiosos de la Iglesia búlgara uniata, una situación no remediada hasta 1863 cuando Rafael Popov fue elegido como obispo basado en Adrianópolis.

Su intento fue exitoso y en el mismo año realizó servicios religiosos como obispo católico.

Ese año Izvorov fue promovido a obispo administrador de todos los búlgaros uniatos, directamente subordinado al delegado apostólico en Constantinopla y luego volvió a estar basado en Kilkís.

Desde 1913 los católicos bizantinos en la Macedonia serbia quedaron bajo jurisdicción del obispo latino de Skopie.

Debido a la nueva situación la Iglesia católica bizantina búlgara fue reorganizada en 1926 suprimiéndose los 3 vicariatos apostólicos existentes.

Había entonces 6 parroquias en: Strumica, Radovo, Nova Maala (las 3 mayormente con refugiados de Kilkís, llamados kukush), Gevgelija, Bogdanci y Stoyakovo.