El Papa Inocencio VIII concedió en 1484 autorización para que las religiosas pudieran constituirse en comunidad conventual.
De las estatuas y relieves se encargó Juan Imberto.
En el lado del evangelio se halla un retablo dedicado a San Francisco, realizado en la década 1570, por el escultor francés, afincado en Valladolid, Juan de Juni.
Tiene planta rectangular y ocupa dos pisos organizados con columnas toscanas.
En la iglesia se encuentra enterrado el conquistador Álvar Núñez Cabeza de Vaca.