[4]​ Durante la Guerra del Pacífico (1879-1884), la iglesia funcionó como hospital de campaña para acoger a heridos en combate que llegaban desde el puerto de Valparaíso.

En algún momento del siglo XIX, estas catacumbas fueron saqueadas, removiéndose el cuerpo de un condecorado general argentino.

Su restauración no fue la adecuada,[5]​ y provocó que tras el terremoto de Chile de 2010, su estructura se dañara aún más, debiendo permanecer clausurada desde entonces.

[6]​ Hacia 2014, aún no se contaban con recursos económicos ni la disposición política o del Obispado para su restauración.

[7]​ Emplazada sobre un predio de forma irregular, esta iglesia se ubica en el barrio El Almendral, a un costado del edificio del Congreso Nacional y frente al Mall Paseo Ross, en el límite oriental del plan de Valparaíso, entre la Avenida Argentina y el pasaje Juan Ross.