La iglesia se comunicaba con el claustro de San Francisco, de la iglesia del mismo nombre mediante un puente a su vez demolido en 1876, conociéndose por ende esta calle como la Calle del Arco.

La iglesia está compuesta por una nave y una capilla perpendicular al presbítero.

Cuenta con un sotocoro y un cielo raso de madera dispuesto en una bóveda, con motivos geométricos caracterizados por un estilo que recuerda al del manierista Sebastiano Serlio.

El principal interés es la talla de madera realizada por el maestro tallista Pedro Caballero, que constituye un ejemplo del rococó en la Nueva Granada.

La ornamentación se extiende a todos sus retablos, galerías, confesionarios, alfarjes, y marcos de los cuadros y del púlpito, siendo notable que no se les haya aplicado pintura dorada, como era usual en aquella época.