Sin embargo, tras ocho años en ese emplazamiento, el nuevo comendador fray Diego de Roa expresó su voluntad de trasladar la orden a otro lugar ya que se producían constantes saqueos de los corsarios musulmanes que desembarcaban cerca del convento.

La concesión se produjo finalmente el 12 de noviembre de 1507 por la reina Juana I y un año después ratificado en una bula por el papa Julio II.

[2]​ La iglesia tuvo que someterse a diversas restauraciones por su mal estado durante todo el siglo XIX.

[3]​ Un terremoto producido en 1884 en Andalucía destruyó la parte más elevada de las torres, incluyendo el campanario y los chapiteles, que no se recuperaron.

El crucero estaba rematado con cúpula sobre pechinas sobre cuatro arcos de medio punto y las columnas eran corintias.