En 1172 da al abad del monasterio las propiedades de Herrera, Herreruela, Hormaz y Armiñón, y en 1176 traslada el cenobio al actual Monasterio de Santa María de Herrera.

A pesar de este traslado, los cistercienses siguieron dominando la comunidad de Sajazarra hasta que en 1253 la adquirió Alfonso X el Sabio a cambio de otras heredades.

El templo actual, construido en piedra de sillería y mampostería está adosado por su muro norte a la muralla y es una suma de construcciones de varias épocas.

Consta de tres naves: la central, del último cuarto del siglo XII, la de la epístola, de los siglos XIII y XIV, y la del evangelio, del siglo XVI, excepto su último tramo que parece ser un torreón del XIII.

Los arcos de comunicación de las tres naves son del siglo XVIII, y la torre es barroca, realizada por Juan de Azcoitia y Pedro de Elejalde entre 1698 y 1702.