En 1279 el mar embravecido volcó las barcas que iban en procesión hacia la isla para rendir homenaje al santo; algunos peregrinos murieron y se decidió trasladar el venerado cuerpo a esta iglesia de Cannaregio.

La iglesia sufrió diversas intervenciones y reformas a lo largo de su historia.

Andrea Palladio en 1580, poco antes de su muerte, había realizado algunos dibujos para sus interiores.

La contribución real de Palladio no está clara: aunque una inscripción en el portal principal lo indicaba como el autor del edificio, la iglesia en realidad no se completó hasta treinta años después de su muerte.

En cambio, el cuerpo del santo fue trasladado a la iglesia de San Geremia, situada no muy lejos, donde aún se encuentra hoy.