Ya en el siglo X mantienen las crónicas que fue restaurado por Fernán González, conde de Castilla, al reconquistar la ciudad.
Por este motivo, a partir del siglo XVII fueron constantes las obras de consolidación, hasta que la noche del 17 de enero de 1818 se desplomó por completo su torre mudéjar, siendo trasladado el culto al convento del Carmen hasta que se llevaron a cabo diversas reformas.
El Gobierno de España adquirió en 1863 los restos del edificio, que fue demolido entre 1930 y 1931.
Finalmente en 1998 un grupo de vecinos crearon una hermandad y una asociación con su nombre, y levantaron una capilla en el mismo emplazamiento en el que se ubicaba la iglesia, donde recibe culto esporádicamente; además el edificio se usa con fines culturales.
Los ábsides de la iglesia, así como la torre del campanario se situaban en la parte más próxima al acueducto.