En 1657 se añadió al chapitel un tejado barroco, que alcanzó una altura de 115 metros.

Este órgano fue sustituido por uno nuevo construido por Hans Stellwagen, restaurado en 1670 y reparado por Johann Friederich Besser.

En 1720, según Johann Mattheson, este órgano constaba de unos 58 registros y unas 88 filas (dispuestas en cuatro teclados y pedales), lo que podría hacerle el órgano más grande del mundo en aquel momento.

Entre los organistas que tocaron aquí están Heinrich Scheidemann, Johann Adam Reinken (que fue organista aquí durante más de cuarenta años) y Johann Sebastian Bach.

Bach admiró el órgano, que tenía dos filas de 10 m en el pedal, con cuatro filas de cinco metros en el Hauptwerk (gran división) y 16 fuelles para suministrar viento al instrumento.